I en normal hästtarm finns biljontals mikroorganismer, bakterier av olika slag som man brukar tala om som den "mikrobiella floran". Bakterierna hjälper hästen att bryta ner svårlösliga kolhydrater som t ex cellulosa till mindre, för hästen upptagbara kolhydrater. I den mikrobiella floran finns såväl e-koli som klostridier, men de "håller sig på mattan" så länge de "matas" med rätt sorts foder (företrädesvis grovfoder). Om en häst får i sig för mycket lättsmälta kolhydrater, t ex genom en stor kraftfodergiva eller ett besök på granngårdens vall, kommer de bakterier som omvandlar svårsmälta kolhydrater att minska i antal samtidigt som andra, mindre gynnsamma, bakterier tar över, däribland klostridier och e-koli. De båda senare kan utsöndra gifter (toxiner) som skadar hästen. Detsamma kan hända om hästen antibiotikabehandlas, särskilt stor sägs risken vara vid behandling med Engemycin, det antibiotika som används vid ehrlichios.
De bakterier som påvisats kommer alltså från hästens egen tarmflora och inte från något hästen skulle ha ätit. Den typ av "matförgiftning" man är rädd för på häst är ju framförallt botulism (också en sorts klostridie) där hästen alltså får i sig själva giftet (toxinet) och inte bakterien (jo det kan den också få, men själva bakterien är förhållandevis harmlös). Detsamma gäller för mögeltoxiner som förövrigt också kan orsaka en kraftig störning i tarmfloran med det perakuta förlopp som har beskrivits.
Att hästen skulle ha ätit hästskit eller lera och därmed pådragit sig sjukdomen är mycket osannolikt. Man skulle kunna tänka sig att den fått i sig mögligt foder, något som tyvärr kan vara svårt att upptäcka och som kan förekomma även vid den bästa tänkbara foderhanteringen.