Vad jag kan läsa mig till så vänjer sig magen efter ett tag, dvs bakteriefloran ändras, och sen tål man bönorna. Oavsett om vattnet bytts eller inte.
Ämnet heter för övrigt fytinsyra. Googlade på bönor och gaser, och då kommer förklaringen som första träff. Där står också att magen vänjer sig, och att det inte är nödvändigt att byta kokvattnet halvvägs om man inte är överkänslig.
https://www.landleyskok.se/tips-trix/bonor
Så de färdigkokta är inte kokade på fel sätt, egentligen. Men de är inte specialbehandlade för att passa överkänsliga.